الأقسام العلمية تتكون كلية الهندسة في جامعة النهرين من 9 اقسام علمية ، وهي : 1- قسم الهندسة المدنية. 2- قسم الهندسة الالكترونية والاتصالات. 3- قسم الهندسة الميكانيكية. 4- قسم الهندسة الكيمياوية. 5- قسم هندسة الحاسوب. 6- قسم هندسة الليزر والالكترونيات البصرية. 7- قسم هندسة الطب الحياتي. 8- قسم هندسة العمارة. 9- قسم هندسة الاطراف والمساند الصناعية.